O Município de São José do Cedro iniciou sua colonização em 1950 com a vinda de 21 agricultores oriundos da região dos Sete Povos das Missões, noroeste do estado do Rio Grande do Sul. Na época o povo respeitava a data de 19 de março que a igreja tem como dia consagrado à São José. Reuniram-se neste dia e rezaram o terço fazendo preces no então sertão e no local que era conhecido como Cedro.

A colonização iniciou-se em 1950 e a nova comunidade continuou com a denominação de "Cedro". Com a vinda de mais famílias formou-se um núcleo, tendo os habitantes construído uma casa que servia de capela e escola ao mesmo tempo. Em 1956 chegou o primeiro pároco e na oportunidade foi eleito "São José" padroeiro da comunidade, que mais tarde foi associado ao nome primitivo, quando da criação do Município, passando a denominar-se "SÃO JOSÉ DO CEDRO".

O Município foi criado pela Lei Estadual n.º 348 de 21 de junho de 1958 e instalado em 27 de julho de 1958, tendo passado de vila a município, sem passar pela categoria de distrito. Com o advento da Lei Federal n.º 5.449 de 04 de junho de 1968, o Município de São José do Cedro foi incluído entre os de interesse à Segurança Nacional e a partir de 31 de janeiro de 1969 o cargo de Prefeito Municipal passou a ser promovido nos termos do parágrafo primeiro, artigo 15 da Constituição Federal, deixando de vigorar a partir de 1985.