A colonização do município teve início em 1929 com a vinda dos primeiros agricultores de origem alemã e católicos procedentes dos municípios de Santa Cruz do Sul, Cerro Largo, Tapera, Selbach e outros do Rio Grande do Sul.

Ainda hoje a população de São João do Oeste é constituída em mais de 95% de descendentes alemães e de religião católica.

São João do Oeste é município emancipado de Itapiranga e instalado em 01 de janeiro de 1993, sendo que a data comemorativa do município ainda prevalece a mesma de sua emancipação.